Uma mutação silenciosa ocorre quando há uma alteração no código genético de um organismo, resultando em uma mudança no DNA, porém essa mudança não afeta a proteína produzida. Isso pode ocorrer devido ao fato de o código genético ser redundante, ou seja, vários códons diferentes podem codificar o mesmo aminoácido. Portanto, mesmo que ocorra uma mutação em um códons específico, se ele codificar o mesmo aminoácido, a proteína produzida não será alterada.
Mutação silenciosa pode ser considerada neutra, pois não altera a função da proteína e, portanto, não tem impacto no fenótipo do organismo. No entanto, essas mutações podem ser importantes em termos evolutivos, uma vez que podem afetar a variabilidade genética de uma população ao longo do tempo.
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